(一)卫生除害处理原则
为了保证卫生除害处理的顺利进行，必须遵循一些基本原则。
一、卫生除害处理必须符合检疫法律法规的有关规定，有充分的法律依据;
二、在必须采取处理措施时，应设法使处理所造成的损失降低到最小;
三、处理方法必须完全有效，能彻底除虫灭病，完全杜绝传染病和有害生物的传播和扩散;四是处理方法应当安全可靠、不造成中毒事故、残留低、对环境污染小;五是处理方法还应不降低动植物、植物繁殖材料和种用动物的存活和繁殖能力，不降低动植物产品或相关产品的品质、风味、营养价值，不污损其外观。
此外，凡涉及环境保护、食品卫生、农药管理、 港口 监督以及其他行政管理部门的措施，应征得有关部门同意并符合有关管理办法、规定和标准。
因此，在采取卫生除害处理措施时应当充分考虑：
首先保证传染病和有害生物不传入、传 出国 境，同时考虑减少经济损失，有利于发展对外经济贸易关系;
第二能进行卫生除害处理的，尽量进行卫生除害处理; 报关 员培训
第三对不能进行除害处理的或者除害无效的，坚决做扑杀、退回或销毁等处理。
(二)卫生除害处理方法
卫生除害方法是指根据不同的对象，选择合适的杀灭病原体或有害生物的方法。广义的卫生除害处理除熏蒸处理、喷洒处理、热处理、冷处理、电磁波处理等外还包括扑杀、销毁、退回和隔离检疫。狭义的卫生除害方法主要是指熏蒸处理、喷洒处理、热处理、冷处理、电磁波处理等五大类。
1.熏蒸处理：利用药物汽化或释放出的有毒气体杀灭有害生物的处理方法。进出境集装箱熏蒸除害处理，是集装箱卫生除害处理中最常用的方法。
2.喷洒处理：利用有毒气体或液体杀死、清除有害生物或降低有害生物数量的处理方法，如现场喷雾杀虫、灭菌。它在卫生除害处理中被广泛应用。
3.热处理：利用高温来杀灭或清除有害生物的处理方法，如进出境木质包装的处理。
4.冷处理：采用低温来杀灭或清除有害生物的处理方法，如进出境水果的处理。
5.电磁波处理
(1)微波加热处理：应用电磁场加热产生热能来杀灭或清除有害生物的处理方法，如微波炉加热。
(2)钴60-r射线辐射：利用电离辐射来杀灭或清除有害生物的处理方法。